Naruto, según lo establecido por Jiraiya, tiene un gran parecido con su padre heredando sus ojos azules y su cabello rubio de punta, de igual forma, de su madre heredó la forma de sus ojos y su cara. Las características físicas más importantes y resaltantes de Naruto son las tres marcas de bigotes en ambas mejillas. Además, el rasgo más mencionado con regularidad antes de la Segunda Parte era su baja estatura para su edad. Después de dos años, Naruto tuvo una racha en su crecimiento llegando a superar en tamaño a Sakura. Para el final de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, la estatura de Naruto había aumentado hasta casi alcanzar a su padre, y dos años después fue el más alto de su generación. Durante el Epílogo, la estatura de Naruto aumentó a tal punto de superar por una cabeza completa a su esposa Hinata.