Naruto, según lo establecido por Jiraiya, tiene un gran parecido con su padre heredando sus ojos azules y su cabello rubio de punta, de igual forma, de su madre heredó la forma de sus ojos y su cara. Las características físicas más importantes y resaltantes de Naruto son las tres marcas de bigotes en ambas mejillas. Además, el rasgo más mencionado con regularidad antes de la Segunda Parte era su baja estatura para su edad. Después de dos años, Naruto tuvo una racha en su crecimiento llegando a superar en tamaño a Sakura. Para el final de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi, la estatura de Naruto había aumentado hasta casi alcanzar a su padre, y dos años después fue el más alto de su generación. Durante el Epílogo, la estatura de Naruto aumentó a tal punto de superar por una cabeza completa a su esposa Hinata.

La historia principal sigue a Naruto y al crecimiento individual de sus amigos, junto a su desarrollo como ninja. Además, se centra en las interacciones entre éstos y la influencia del entorno en sus personalidades. Conforme transcurre la serie, Naruto se relaciona con Sasuke Uchiha y Sakura Haruno, con quienes conforma el «Equipo 7» junto a su sensei Kakashi Hataketambien conocido como el ninja copia.²³Cabe mencionarse que Naruto confía mucho en ellos así como en otros personajes que irá conociendo poco más adelante. Mientras ellos aprenden nuevas habilidades y conocen a nueva gente y escenarios durante sus misiones, Naruto lucha por su sueño de volverse el máximo líder de su aldea (Hokage) y ser reconocido como alguien importante.²² Al inicio, la serie se enfoca en los integrantes del Equipo 7, Naruto, Sasuke y Sakura.^23 24 Poco después, Orochimaru (uno de los delincuentes más buscados)²⁵ ataca a la Aldea Oculta de la Hoja, asesinando al Tercer Hokage como acto de venganza personal.²⁶ Lo anterior desencadena que Jiraiya, uno de los tres legendarios ninja(伝説の三忍 Densetsu no Sannin^?),²⁷ inicie la búsqueda de su antigua compañera de equipo, Tsunade,²⁸ para designarla como la Quinta Hokage. Durante la búsqueda se revela que Orochimaru quiere encontrar a Sasuke (a quien conoce por sus técnicas de línea sucesoria yoculares),²⁹ con tal de proponerle el poder que tanto anhela para matar a su hermano Itachi Uchiha,³⁰ responsable de haber asesinado a todo su clan.^31 32 Sasuke acepta la proposición y se va a entrenar con él, traicionando a su aldea.^33 34 Mientras tanto, Naruto decide hacer algo al respecto, por lo que decide dejar la aldea junto a Jiraiya durante dos años y medio con tal de entrenar y prepararse para la próxima vez que se encuentre con Sasuke, a quien intentará salvar.³⁵ concluir el período de entrenamiento, Naruto regresa a la aldea justo cuando una misteriosa organización denominada Akatsuki intenta capturar a las nueve poderosas bestias bijūs con cola^36 37 incluyendo al «Zorro Demonio de Nueve Colas» que permanece sellado dentro de él,²² con la finalidad de crear una técnica jutsu que les permita controlar al mercado deguerras ninjas.³⁷ El Equipo 7 y varios ninjas de la aldea luchan contra los miembros de Akatsuki,^38 39 sumándose también a la misión que busca rescatar a su antiguo compañero Sasuke.^40 41 42 Sin embargo, éste traiciona a Orochimaru⁴³ y enfrenta a Itachi a manera de venganza.^44 45 Aunque Itachi muere, Sasuke escucha una revelación de parte del miembro de Akatsuki, Madara Uchiha,⁴⁶ donde explica que Itachi tuvo la orden de eliminar a su clan de parte de los altos mandos de la aldea.⁴⁷ Entristecido por esto, Sasuke ingresa a las fuerzas de Akatsuki con el objetivo de destruir a la aldea.^48 49 En tanto, varios miembros de Akatsuki van capturando a los diferentes contenedoresde bijūs y jinchūrikis,³⁸ mientras que dos de sus integrantes, Pain y Konan, invaden y destruyen la aldea en búsqueda de Naruto.